초파리는 번식력이 왕성하고 성장이 매우 빠르기 때문에 예방이 중요하다. 우선, 집 안에 초파리가 좋아하는 당과 산이 있는 것들을 빠르게 처리해야 한다. 초파리는 후각이 발달해 1km 이상 거리에서도 냄새를 맡을 수 있으므로 과일과 채소를 바깥에 오래 방치하면 안 된다. 음식물을 먹고 남긴 자투리, 포장지, 쓰레기통, 싱크대 배수구 등도 자주 청소해야 한다. 음식물 쓰레기를 자주 버리기 힘들다면 냉동실에 얼리는 방법도 있다.
과일 향을 덮는 것도 초파리를 방지하는 데 도움이 될 수 있다. 과일을 쌀뜨물에 담가 두면 쌀뜨물의 녹말 성분이 과일 향을 가릴 수 있다. 구입한 과일은 일단 과일 세척용으로 허가된 주방 세제 등을 이용해 흐르는 물에 충분히 씻어주는 것도 냄새를 줄일 수 있다.